Для Луганской Диагностической Лаборатории (ЛДЛ) был разработан скрипт для дизайна праймеров ПЦР. Праймеры - это олигонуклеотиды, необходимые для "затравки" реакции полимеризации. С помощью пары праймеров исследователь может выделить нужный участок ДНК.

Для того, чтобы подобрать нужные праймеры, нужно учесть множество факторов - таких как:

  • Длина
  • Температура отжига
  • Температура плавления
  • Процентное содержание Гуанина и Цитозина
  • Специфичность праймеров
  • и др.

Мой скрипт призван помочь дизайнеру праймеров, показывая ему некоторые из перечисленных параметров. При дизайне праймеров руководствуются такими правилами:

  • Длина праймера должна составлять от 15 до 25 пар нуклеотидов.
  • Процентное содержание Гуанина-Цитозина должно колебаться от 50% до 60%.
  • Температура плавления варьирует в пределах 52-60 °С.
  • Температура отжига обоих праймеров должна отличаться максимум на 3°С.
При достижении оптимальных показателей, они высвечиваются зелёным цветом. В поля праймеров можно ввести только буквенные обозначения дезокси-рибонуклеотидов: G, C, T, A.

Добавить комментарий

Защитный код
Обновить